La rete organizzative del Sindacato dei Marittimi prevede, quale massimo organo deliberante tra un Congresso e l'altro, il Coordinamento Nazionale che attua gli indirizzi stabiliti in sede congressuale in materia contrattuale, economica, sociale, organizzativa, amministrativa, finanziaria e di politica dei trasporti nazionali ed internazionali. L'organo esecutivo e di direzione operativa del Sindacato dei Marittimi è la Segreteria Nazionale, che attua le decisioni del Coordinamento Nazionale e assicura la gestione continuativa delle attività sindacali. La Segreteria Nazionale si avvale, per lo svolgimento delle proprie funzioni, di quattro uffici di staff, cui sono preposti coordinatori con incarico di funzione di livello dirigenziale generale.
Tutte le norme relative alla struttura organizzativa del sindacato sono contenute nello Statuto del Sindacato dei Marittimi.
Ufficio per la comunicazione e le relazioni esterne
Provvede alla comunicazione delle attività del sindacato ne coordina le iniziative legate all'immagine. Cura, per conto della Segreteria Nazionale, i rapporti con i media e le relazioni sia interne che esterne.
Ufficio per la consulenza legale
Offre consulenza giuridica e di supporto all'attività della Segreteria Nazionale, sviluppa studi e ricerche, predispone schemi di atti normativi e provvedimenti. Mantiene i rapporti di competenza con le strutture interne e con gli organi e le strutture esterne.
Ufficio per la progettazione strategica
Promuove, programma e supporta le azioni degli altri uffici del sindacato. Si occupa dell'accompagnamento tecnico e del monitoraggio di progetti, definisce ed applica pratiche di innovazione tecnica, organizzativa e amministrativa.
Ufficio di amministrazione e controllo di gestione
Svolge attività di previsione, monitoraggio e analisi dei costi di funzionamento del sindacato al fine di misurarne le performance e di individuare eventuali azioni correttive.
Il S.d.M. è l'organizzazione sindacale dei lavoratori di tutti i settori che operano a vari livelli nel sistema del trasporto marittimo e delle attività portuali. E' una libera associazione democratica, indipendente da qualsiasi influenza di governo, confessione o partito politico ed organizza la propria attività nel pieno rispetto dei principi di democrazia e libertà affermati nella Costituzione della Repubblica Italiana e nella Carta dei diritti fondamentali dell'Unione Europea; non persegue finalità di lucro ed agisce per il costante miglioramento... 
